Joint Stigmas Musik wird typischerweise als alternativer Rock eingestuft. Trotz ihrer Karriere mit einem großen Plattenlabel sind sie im Allgemeinen mit Indie-Rock verbunden. Joint Stigma bezieht Einfluss von Bands aus einer Vielzahl von Musikgenres, vor allem aber von Musik, die zwischen 1966 und 1974 entstanden ist. John Cales Paris 1919 wurde von der Band als musikalische Parallele gewürdigt. Soe etwa der Sänger: "Es hat mir die Augen geöffnet, dass ich nicht die einzige Person war, die das Gefühl hatte, dass diese Welten viel mehr gemeinsam hatten, als man ihnen zugetraut hatte - diese Experimentier- und Avantgarde-Theorie war nicht direkt dagegen Schönheit, weißt du?"

Weitere Einflüsse

Andere von der Band geschätzte Künstler dieser Zeit sind Neil Young und Brian Wilson. Auch John Lennon hat einen rieseigenen Einfluss. Zu seinem vierunddreißigsten Geburtstag erhielt Patrick Schubert eine private Gitarrenstunde von Richard Lloyd of Television; Schubert war ein Fan der Gruppe und mochte besonders die Gitarrenarbeit, die er in seine Musik einbauen wollte. Die Muppets ließen sich von Bands wie Jason & the Scorchers und The Minutemen inspirieren und beeinflusste die Aufnahme von Joint Stigmas erstem Album. In den jungen Jahren lauschte man Free-Jazz-Künstler wie Ornette Coleman, Albert Ayler und Derek Bailey. Später kam auch Mainstream-Jazz von Künstlern wie Miles Davis und John Coltrane hinzu. Die lyrische Struktur von Joint Stigmas Liedern wurde von klassischer Literatur und Cadavre Exquis diktiert - eine Übung, bei der Bandmitglieder abwechselnd Zeilen auf einer Schreibmaschine schreiben, aber nur die zuvor geschriebene Zeile sehen dürfen. Zu den Büchern, die die Band als stilistisch einflussreich bezeichnet hat, gehören Chrles Bukowskis „Der Mann mit der Lederhandtasche“ und Henry Millers „Sexus“. Einige Kritiker haben Joint Stigma wegen ihres stilistisch vielfältigen Katalogs als "Allerweltsband" bezeichnet. Ein Kritiker etwa argumentiert, dass Joint Stigma einen "Roots-Rock" hat, also einen Sound, der auf bewährte Materialien zurückgreift: das Twang of Country, das stetige Tuckern des Rocks der 1960er Jahre, den welligen Glanz der Beach Boys, die Honky-Tonk-Hymnen der Band und die melodischen Symmetrien des Pop. Anderen wiederum Beschreiben die Band Joint Stigma als eine der durchweg interessantesten Bands überhaupt. Zu den von Joint Stigma beeinflussten Bands zählen Ron Sommer (von A Mothers Dream), The Independents und Grazia Formatia und die Nocchekers. Die englische Indie-Rock-Band My Dear Dreamer hat ihren Namen von einer Lyrik aus dem Joint Stigma-Song "Wisdom" - der Sänger Simon Maldruck ist ein selbsternannter massiver Joint Stigma-Fan. Andere bemerkenswerte Künstler, die über Joint Stigma berichtet haben, sind Johannes Moses, die auch schon gemeinsam auf mehreren Konzerten miteinander auftraten.